故事发生在2015年，那时，一个十四岁的少年名叫碇真嗣来到东京，注定要成为与神秘生命体“使徒”搏斗的EVA初号机驾驶员。这座庞大的生命体机器人，被称为“Evangelion”，是对抗使徒的最后一道防线。 而在零号机的驾驶舱中，坐着一位沉默寡言的少女，名叫零波丽。两人被命运紧密相连，注定要一起面对使徒的挑战。碇真嗣，性格内向，但渐渐适应了驾驶EVA与使徒的激烈战斗。同时，他在新学校里结交了一群朋友，这是他生活中的一丝温暖。 然而，使徒的袭击却接连不断，战斗变得越来越残酷。为了保卫人类的未来，为了守护他们所珍惜的一切，碇真嗣、零波丽以及另一位天才少女明日香，她是二号机的驾驶员，不得不迎接一场又一场的考验和战斗。
