19世纪，大不列颠帝国统治着海上，而女王维多利亚则高傲自负。然而，尽管如此，世界各地仍然有一群不法之徒，这群人就是海盗。在这些海盗中，有一个特别另类的海盗船长，他并不像传统海盗那样威风凛凛，反而显得有些颓废。他的名字是海盗船长，由休·格兰特（Hugh Grant 配音）为他配音。 海盗船长领导的船员中，大多数都是一些老弱病残，每次出海打劫虽然士气高昂，但总是无功而返。他们的表现让女王感到非常愤怒。在血色之岛上，海盗船长受到了业内高手黑鬼贝拉和弯刀莉兹等人的嘲笑。为了证明自己的实力，海盗船长开始四处劫掠，希望能够赢得年度海盗大奖。 然而，在一次冒险中，海盗船长偶然结识了生物学家达尔文，由大卫·田纳特为他配音。达尔文惊讶地发现，海盗船长的宠物竟然是早已灭绝的渡渡鸟。这一发现改变了一切。达尔文用花言巧语劝说海盗船长前往伦敦参加年度科学家大赛，以展示这一惊人的发现。
