新的一年开始,明修学苑的理事长樱井凉子(黑木瞳饰)率领着一群精英教师前往湘南地区,宣布了与明修湘南高中的合并。在这个新的学校中,内山田广志(田山凉成饰)成为了副校长,而鬼冢英吉(AKIRA饰)则担任了2年A班的副班主任。与此同时,曾经大闹湘南的弹间龙二(城田优饰)和冴岛俊行(山本裕典饰)因各种原因回到了故乡,带着自己的故事重聚在湘南。
鬼冢和女教师藤川穗奈美(比嘉爱未饰)共同担当2年A班的教学工作。在这个班级里,还有宫地明里(三吉彩花饰)、宇佐美太一(佐野玲于饰)、芹泽航平(龙星凉饰)等一群看似活泼享乐的新生代学生。然而,他们每个人都背负着不同的身体和心理上的创伤。正如前作中的GTO鬼冢一样,他绝不允许任何学生受到伤害,他以他独特的方式,再次投身于改变学生命运的行动之中。