故事发生在魔斯拉、翼龙拉顿、三头龙基多拉和哥斯拉的激烈混战之后。此时，帝王组织在骷髅岛建立了观察区，向公众开放了大部分资料，让人们更多地了解这些巨大生物。 与此同时，金刚也已经长大，变得更加强大。高科技公司APEX利用这些资料，决定进行一项大胆的任务，旨在消灭哥斯拉。然而，这个任务充满了风险和危险。哥斯拉察觉到了APEX的计划，开始对人类发动攻击，引发了一场全新的危机。 APEX决定利用金刚来探索地心世界，以寻找更多的能源。金刚一心想回到他真正的家园，于是与他的保护者们一起展开了一段艰难的旅程。在这个旅途中，他们结识了一个年轻的孤儿女孩吉雅，她与金刚之间有着特殊而强大的联系。然而，他们却在前行的路上意外地与愤怒的哥斯拉相遇，而深埋在地心的奥秘也在这一刻被揭开。
