该剧讲述了秦淮女子柳如是的传奇故事。柳如是，原名杨爱，因家道中落，被卖给吴江周府为婢，她聪慧好学，琴棋书画样样精通，深受周老爷喜爱，但周老爷一过世便被赶出周家，沦落风尘。美丽的外貌加上无双的才情，使得她在风月场所声名鹊起。一个偶然她救下了书生陈子龙，二人惺惺相惜，互生情愫。但陈子龙却不愿意娶入家门。柳如是心如刀割，毅然决裂，并取辛弃疾之词为自己取名“柳如是”。

柳如是在西湖祭拜时，有感时事在墙上提笔抒发忧愤之思，被大文豪钱谦益所知，在友人的帮助下，柳如是得以和钱谦益相识。钱谦益钟情柳如是，光明正大迎娶她过门，用实际行动回答了柳如是的三怕。他们在一起儿女情长，但在动荡时局中无法偏安一隅。面临清军的大举入境，朝廷的腐败无能，二人出现矛盾，感情逐渐疏远，最终，钱谦益被时局所迫，降清北上做官；柳如是留在南京追随着反清复明的队伍