电影《省港旗兵2:兵分两路》带领我们回到了20世纪80年代的香港,一个充斥着新移民犯罪的时代。港警为了打击犯罪集团,与大陆三名公安合作,试图将这些罪犯一网打尽。然而,主要角色李向东(徐锦江饰)、戚京生(林国斌饰)和郭学军(袁日初饰)却受到了程警司(吴海添饰)的监控和控制。
在执行任务的过程中,这三位警员与线人大大(万梓良饰)建立了特殊的情感联系。他们深入犯罪集团,对付烂仔小兴(黄志强饰),并击毙江家四兄弟,但这也激发了江家兄弟的复仇决心。尽管他们的行动干练,手段凶狠,但他们的作风却引起了程警司的不满,因为他们的行动杀伤过多,引起了公众和上级警官的关注,程警司也不得不两面应对。
故事中,戚京生重逢了旧友老虎,并爱上了老虎的妹妹。而郭学军则爱上了舞女戴安娜(王小凤饰),不惜动用公款追求她的芳心。在任务中,他们深入犯罪集团,但意外发生,京生甚至被砍头处死。此时,戴安娜背叛学军,偷走了钱并向移民官举报,学军陷入险境,但最终挣脱并前往机场。在机场,他们接到了京生的战友阿虎的邀请,三人假装加入银行抢劫团伙,实际上与警方合作,试图将罪犯绳之以法。然而,在行动前夜,一场突如其来的变故威胁着一切。